云南農業大學食品科學與工程學科始建于60年代初期，1989年招收本科；1995年成立食品科學部；2001年5月，成立食品科學技術學院。經過60多年建設和發展，已建成本－碩－博貫通及博士后人才培養體系，累計培養本科生9000余人，研究生800余人。目前擁有1個一級學科博士點：食品科學與工程，2022年入選教育部“全國黨建工作標桿院系”。學院現有專任教師71人，其中教授24人、副教授23人、博導21人、碩導48人、博士學位87.3%。擁有國家百千萬、國家農業產業技術體系崗位科學家、全國師德先進個人、省科技領軍人才、云嶺學者等各類人才16人。食品科學與工程、動物性食品科學2個省級重點學科；1個一級學科碩士點：食品科學與工程；4個二級學科碩士點：食品科學、農產品加工及貯藏工程、功能食品、營養代謝免疫學；2個專業學位碩士點：專業碩士生物與醫藥領域、農業推廣碩士食品加工與安全領域；5個本科專業：食品科學與工程專業、食品質量與安全專業、葡萄與葡萄酒專業、糧食工程專業和食品營養與健康專業。食品科學與工程、食品質量與安全入選“雙萬計劃”國家級一流本科專業建設點。

    依托云南食物資源稟賦，民族飲食文化特色和面向南亞、東南亞區位優勢，主動服務鄉村振興、健康中國、食品安全等國家戰略，全面落實云南省“三個定位”和世界一流“綠色食品牌”打造，聚焦高原特色“云品”、食藥同源資源和民族特優食品三大資源，形成了食品科學、食品安全、綠色食品加工與生物制造、功能食品與精準營養四位一體的學科方向。擁有食藥同源資源開發與利用教育部工程研究中心等13個省部級科研平臺，儀器設備總值超1億元。近5年來承擔國家級及地方各類科研課題160余項，到賬1.1億元。在Nature Communication、Journal of Agricultural and Food Chemistry和Biotechnology Advances等國際權威期刊上發表論文445篇，其中SCI/EI收錄300余篇（IF≥10，8篇）。獲授權專利65項，獲云南省科學技術獎勵9項（杰出貢獻獎1項、特等獎1項、一等獎1項、二等獎2項、三等獎4項），省教學成果二等獎1項。在普洱茶、咖啡、核桃、食用菌、辣木、特色畜產品等研究上，居國際領先水平，已建成具有鮮明的高原和民族特色的國內一流食品學科。相關技術成果在天士力集團、康師傅集團、大益普洱茶等省內外200余家企業推廣應用，深入74個縣（市區）開展食品安全邊疆行專家服務，助力云南食品工業科技創新與轉型升級，產業綜合效益超過300億元。