甘肅中醫(yī)藥大學1990年獲得碩士學位授權資格，是甘肅省唯一一所具有碩、博士研究生培養(yǎng)資格的省屬醫(yī)學院校。現(xiàn)有中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合3個博士學位授權一級學科；有中醫(yī)學、中藥學、中西醫(yī)結合、臨床醫(yī)學、生物醫(yī)學工程5個碩士學術學位授權一級學科，涵蓋了中醫(yī)基礎理論、中醫(yī)臨床基礎、中醫(yī)醫(yī)史文獻、方劑學、中醫(yī)診斷學、中醫(yī)內科學、中醫(yī)外科學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)婦科學、中醫(yī)兒科學、中醫(yī)五官科學、針灸推拿學、民族醫(yī)學、中醫(yī)老年病學、敦煌醫(yī)學、中西醫(yī)結合基礎、中西醫(yī)結合臨床、中西醫(yī)結合護理、中藥學、內科學、兒科學、老年醫(yī)學、神經病學、精神病與精神衛(wèi)生學、皮膚病與性病學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、臨床檢驗診斷學、外科學、婦產科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫(yī)學與理療學、運動醫(yī)學、麻醉學、急診醫(yī)學、比較醫(yī)學、生物醫(yī)學工程38個二級學科碩士學術學位授權點；有中醫(yī)學、中藥學、臨床醫(yī)學、護理及公共衛(wèi)生5個碩士專業(yè)學位授權一級學科，涵蓋了內科學、兒科學、老年醫(yī)學、神經病學、精神病與精神衛(wèi)生學、皮膚病與性病學、影像醫(yī)學與核醫(yī)學、臨床檢驗診斷學、外科學、婦產科學、眼科學、耳鼻咽喉科學、腫瘤學、康復醫(yī)學與理療學、運動醫(yī)學、麻醉學、急診醫(yī)學、中醫(yī)內科學、中醫(yī)外科學、中醫(yī)骨傷科學、中醫(yī)婦科學、中醫(yī)兒科學、中醫(yī)五官科學、針灸推拿學、民族醫(yī)學、中西醫(yī)結合臨床、全科醫(yī)學、臨床病理學28個二級學科碩士專業(yè)學位授權點。并于2014年11月獲批設立中醫(yī)學博士后科研流動站。

　　學校擁有一支高水平的師資隊伍，有博士生導師86人，碩士生導師541人。自1992年至2020年，招收培養(yǎng)全日制研究生2475人，已授予學位3116人（含高校教師及同等學力申請碩士學位人員）。目前全日制在校研究生2118人，其中碩士研究生1993人，博士研究生125人；同等學力申請碩士學位人員604人。學校在研究生培養(yǎng)過程中著力加強中醫(yī)藥服務體系建設，弘揚中醫(yī)藥文化，提升服務能力，已成為甘肅乃至西部地區(qū)教育、科研、醫(yī)療、保健、產業(yè)、文化的重要基地。千余人博碩士畢業(yè)生充分發(fā)揮人才智力和產學研協(xié)同創(chuàng)新優(yōu)勢，推進中藥產業(yè)發(fā)展升級和中醫(yī)藥強省建設，促進全省醫(yī)療衛(wèi)生事業(yè)發(fā)展；同時，充分發(fā)揮學校在傳承發(fā)展中醫(yī)藥文化方面的優(yōu)勢，在甘肅省衛(wèi)計委的大力支持扶助下自2010年起開設“西醫(yī)學習中醫(yī)”、“中醫(yī)學習經典”碩士學位課程班八期，培養(yǎng)學員350余名，其中已獲得碩士學位人員接近半數(shù)，為提高基層醫(yī)療衛(wèi)生單位醫(yī)護人員學歷層次水平做出了應有貢獻。

　　一直以來，學校始終把發(fā)展研究生教育視為建設高水平大學的關鍵，始終以“提高研究生培養(yǎng)質量”為核心，秉承“能撐起屋脊者皆為棟梁”的人才觀,不斷調整和完善高層次專門人才的成才機制，努力營造濃厚的學術氛圍，激發(fā)研究生的科研創(chuàng)新能力。近年來我校研究生科研論文水平不斷提高，在校研究生在國內外核心期刊上發(fā)表論文的數(shù)量穩(wěn)步提升，表現(xiàn)出巨大的科研潛力。同時，為貫徹落實教育部、國家衛(wèi)生計生委、國家中醫(yī)藥管理局等六部門聯(lián)合印發(fā)的《關于醫(yī)教協(xié)同深化臨床醫(yī)學人才培養(yǎng)改革的意見》精神，我校在研究生教育教學改革方面做了大量工作，結合住院醫(yī)師規(guī)范化培訓工作起草了中醫(yī)專業(yè)碩士學位和臨床醫(yī)學專業(yè)碩士學位培養(yǎng)方案，結合公共衛(wèi)生碩士、護理碩士專業(yè)學位培養(yǎng)要求制定了相應的培養(yǎng)方案。在研究生培養(yǎng)過程中強化導師責任制，重視導師考核，狠抓開題，嚴格培養(yǎng)環(huán)節(jié)，規(guī)范論文送審和查重，夯實科研和臨床能力，研究生的培養(yǎng)質量穩(wěn)步提高。近年來，學校進行了一系列研究生教育教學內容和課程體系改革，積極加強課程建設，嚴格研究生導師遴選與培訓，不斷提升導師指導水平，注重研究生的創(chuàng)新意識和創(chuàng)新能力培養(yǎng)。通過多年的研究生培養(yǎng)實踐，學校不斷強化研究生管理，逐步建立和完善學位與研究生教育的各項規(guī)章制度，學校的研究生管理工作更加科學、規(guī)范，研究生教育質量不斷提高。學校畢業(yè)的研究生以其深厚的知識素養(yǎng)、出色的實踐受到用人單位的廣泛贊譽。

　　隨著研究生培養(yǎng)質量的提高，畢業(yè)研究生總體就業(yè)情況良好。至2020年7月，共有畢業(yè)研究生2475人，就業(yè)單位以醫(yī)療衛(wèi)生單位、科研單位和高校為主，一次就業(yè)率達80%以上。累計有100余名應屆畢業(yè)生考取北京中醫(yī)藥大學、上海中醫(yī)藥大學、廈門大學等院校的博士研究生繼續(xù)深造。