為深入學習貫徹落實黨的十七大精神和2008年高校思想政治理論課工作會議精神，全面推進教育事業科學發展，充分發揮思想政治理論作為大學生思想政治教育主渠道的作用，切實加強思想政治理論課教師隊伍建設，2008年11月經黨委研究決定，成立由直屬學校黨委領導的馬克思主義學院。

2009年1月12日馬克思主義學院舉行了掛牌儀式。馬克思主義學院下設馬克思主義基本原理、馬克思主義中國化研究、中國近現代史基本問題、思想政治教育、新疆歷史與民族宗教理論政策5個教研室，既是思想政治理論課教學部門和馬克思主義理論研究機構，又是馬克思主義理論學科點的依托單位。該院現設三個研究生專業：馬克思主義中國化研究、思想政治教育、馬克思主義基本原理。新疆師范大學新成立的馬克思主義學院在自治區高校尚屬首家，馬克思主義學院的成立，將進一步強化馬克思主義在高校的指導地位及其主流價值，是新疆師范大學進一步加強和改進大學生思想政治教育工作，規范思想政治理論課教師隊伍建設，加快學校馬克思主義理論研究和建設工程的一項重要舉措。

馬克思主義理論一級學科，設置于“法學”門類內，下設六個二級學科，即：馬克思主義基本原理、馬克思主義發展史、馬克思主義中國化研究、國外馬克思主義研究、思想政治教育、中國近現代史基本問題研究。馬克思主義理論學科及其所屬二級學科的方向設計，既要區別于原來的馬克思主義理論與思想政治教育學科，也要區別于馬克思主義哲學、政治經濟學、科學社會主義等相關學科。為此，根據該院實際，確立了三個二級學科的研究方向及特色。1、馬克思主義基本原理：兼具馬克思主義基本原理研究和相關教育實踐研究。其主要特色為：（1）馬克思主義基本原理研究。（2）馬克思主義理論教育規律與方法研究。2、馬克思主義中國化研究：兼具馬克思主義中國化理論研究和相關教育研究兩部分內容，其主要特色是：（1）中國化馬克思主義理論與發展研究。（2）中國化馬克思主義理論教育研究。3、思想政治教育：（1）少數民族地區思想政治教育規律與方法研究（2）少數民族地區思想政治教育理論與實踐研究。

2022年12月，新疆師范大學馬克思主義學院等共同組建的烏魯木齊市大中小學思想政治理論課一體化教育聯盟正式成立。