研究生院(GraduateSchool,簡稱：GS）是經菲律賓高教委批準設立的永恒大學獨立學院，是菲律賓高教委認證的LEVEL4等級學院。學院位于永恒大學總校所在地菲律賓首都馬尼拉的Las Pi?as市，距馬尼拉國際機場僅30分鐘車程。學院下設教育學專業、護理學專業、工商管理專業以及公共管理專業等四專業，擁有6個博士學位授權點和16個碩士學位授權點，以及菲律賓移民局認證的留學生招生資格。截止目前，研究生院擁有菲律賓、韓國、印度、尼日利亞、中國等國家和地區的1300余名碩士、博士研究在此就讀。研究生院擁有一支高水平的研究生導師隊伍，現有112名教職人員，均為碩士以上學習，其中授課教授均為博士學歷。

現任院長：

　　EduardoC.Zialcita博士

　　·西班牙裔菲律賓人；

　　·知名教育學者；

　　·社會職位：菲律賓國會議員(2004年至今)；

　　·學校職位：永恒大學董事會主席執行顧問；

研究生院專業設置：

　　博士研究生專業：

　　1.工商管理博士(DBA)

　　專業方向：工商管理；

　　2.公共管理博士(DPA)

　　專業方向：公共管理；

　　3.教育學哲學博士（PhD）

　　專業方向：3.1教育管理、3.2特殊教育、3.3理學教育、3.4英語；

　　碩士研究生專業：

　　1.工商管理碩士

　　專業方向：1.1工商管理、1.2人力資源管理、1.3信息技術管理、1.4政府管理；

　　2.教育學文學碩士

　　專業方向：2.1音樂（獎學金）、2.2教育管理、2.3特殊教育、2.4理學教育、2.5英語、2.6菲律賓語、2.7數學、2.8體育教育、2.9社會科學、2.10幼兒教育、2.11科技與生活教育；

　　3.護理學碩士

　　專業方向：3.1護理管理

　　4.公共管理碩士

　　專業方向：4.1公共管理