浙江海洋大學港航與交通運輸工程學院組建于2012年12月，是學校為更好地對接海洋經濟大發展、服務浙江海洋經濟發展示范區和浙江舟山群島新區建設而調整組建的一個二級學院。

　　學院下設海運工程系、水利土木工程系、海運實驗實訓中心、港工實驗實訓中心等2個系和2個中心，現有教職工75人，其中高級職稱26人，碩士生導師29人，同時聘用了一批高級職稱專家和實踐經驗豐富的雙師型教師。開設航海技術、交通管理、輪機工程（輪機管理與船機修造2個方向）、港口航道與海岸工程、土木工程、建筑環境與能源應用工程6個本科專業，其中港口航道與海岸工程專業為省級新興特色專業，輪機工程專業入選為浙江省“十三五”優勢特色專業，航海技術和輪機工程專業為省應用型試點專業群，建有國家級實驗教學示范中心（船海與港航工程實驗教學示范中心）；學院擁有輪機工程學術學位碩士點、水利工程學術學位碩士點、交通運輸工程專業碩士學位點；現有在校全日制本科生1353人，研究生159人。