廈門大學教育研究院具有深厚的歷史底蘊。1921年廈門大學建校之初便設有師范部，此后歷經教育學部、教育學院、教育學系的變遷，1953年院系調整后保留教育學教研室至1965年。1978年5月17日，潘懋元先生領導創建了廈門大學高等學校教育研究室，1984年2月經教育部批準改為廈門大學高等教育科學研究所，2004年4月6日改為現名。

　　本院是中國第一個以高等教育學為研究對象的專門研究機構，是中國第一個高等教育學碩士學位授權單位和第一個高等教育學博士學位授權單位，是全國第一個高等教育學國家重點學科所在單位、高等教育研究的國家“985工程”創新基地，依托本單位成立的廈門大學高等教育發展研究中心是全國唯一的專門研究高等教育的教育部人文社科重點研究基地。

　　本院下設教育理論研究所、教育史研究所、教育經濟與管理研究所、比較教育研究所、教育心理研究所等五個研究所。另掛靠有廈門大學考試研究中心、廈門大學高教質量與評估研究所、廈門大學中外合作辦學研究中心等研究單位。

　　本院秉承自強不息、止于至善的校訓，努力建設一支高等教育研究的國家隊，致力于發展高等教育研究的中國學派，打造國家級高等教育研究智庫。現有教職員工40人，其中專任教師31人，包括教授13人、副教授10人和助理教授8人。其中有人文社科資深教授1人，國務院學科評議組成員1人，長江學者特聘教授1人次，閩江學者特聘教授2人次，教育部新（跨）世紀人才5人次，教育部高校青年教師獎獲得者2人次，國務院政府特殊津貼4人，福建省高校領軍人才3人次，福建省哲學社會科學領軍人才4人次，福建省新世紀人才6人次，福建省高校杰出青年科研人才3人次。

　　本院為教育學一級學科博士授權單位，在高等教育學、教育史、教育經濟與管理、比較教育等學科招收和培養博士生，在高等教育學、教育史、比較教育學、課程與教學論、教育經濟與管理、發展與教育心理學等學科招收和培養碩士生，是國家首批教育博士（Ed.D.）學位授權單位。本院以培養一流的高等教育研究人才和高等教育領導管理人才為己任，積極探索中國特色的高層次人才培養模式，“學習－研究－教學實踐三結合的研究生課程教學方法”獲福建省教學成果一等獎，“高等教育學學科建設、人才培養與教學改革咨詢”獲國家級教學成果獎一等獎，“學術沙龍：情理交融中的人才培養實踐”獲國家級教學成果二等獎。

　　作為中國高等教育研究重鎮，本院在高等教育基本理論研究、高等教育體制與管理研究、考試制度研究與科舉學等領域取得了奠基性的科研成果。先后承擔國家和部省級課題100余項，其中教育部哲學社會科學研究重大課題攻關項目3項、國家社會科學基金重點課題7項。研究成果獲部省級優秀科研成果獎一等獎17次，其中包括高等學校科學研究優秀成果獎（人文社會科學）一等獎3次、吳玉章人文社會科學一等獎1次、全國教育科學優秀成果獎一等獎3次。研究院還辦有《中國高等教育評論》半年刊和《國際高等教育》季刊。

　　本院以服務社會為宗旨，面向各級政府、教育行政部門和高校，接受委托承擔與高等教育相關的重要課題，開展多層次的咨詢服務，為各級政府和高校提供政策咨詢服務。

　　本院積極開拓境內外高等教育學術交流與合作，與國內眾多大學保持了密切的學術交流關系，與10多所國外知名大學教育研究機構，比如，美國哥倫比亞大學師范學院、英國倫敦大學教育學院高等教育研究中心、荷蘭萊頓大學教師教育研究院、俄羅斯國立人文師范大學等簽訂了學術交流與合作協議，開展了卓有成效的國際合作。

　　2018年5月17日，本院舉行了隆重而熱烈的建院40周年慶祝會。繼往開來，將繼續以繁榮中國高等教育學術，建設國際化的一流的高等教育研究機構為目標，不忘初心、砥礪前行，為培育高等教育研究和實務英才、發展中國高等教育理論、建設一流的高等教育智庫作出新的貢獻。