2005年2月，經國務院學位辦批準，大連海事大學成為工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）和法律碩士（J.M）三個專業學位碩士研究生培養單位。2005年3月，學校分別成立了以上三個專業學位教育中心。進入2006年，為進一步整合學校教育資源，強化對專業學位教育的管理，促進教育培養工作的開展，打造國內一流的MBA、MPA和J.M品牌，學校研究決定成立專業碩士學位教育中心，后更名為專業學位教育學院。2011年，法律碩士教育中心由專業學位教育學院調整至法學院；同年3月，交通運輸部管理干部學院和大連海事大學合作共建北京研究院，掛靠專業學位教育學院。專業學位教育學院是大連海事大學的二級教學單位，全面負責交通運輸行業高層次人才的專業學位研究生教育和培養工作，是我校培養交通運輸領域高級管理人才的重要基地與窗口。學院設招生與市場開拓部、培養與學位管理部及辦公室三個部門，全面負責大連海事大學MBA、MPA教育的招生、培養、學生管理工作。學院獨特的辦學模式受到全國MPA教育指導委員會高度評價：“大連海事大學成立的專業學位教育學院，辦學體制獨特，發揮了科學管理的優勢，有效地整合了學校優勢學科與師資資源”。截止2015年9月底，學院現有專業學位碩士研究生826名，其中工商管理碩士（MBA）441名、公共管理碩士（MPA）385名，畢業生2500名。