南京大學教育學科的歷史可追溯至1918年創立的南京高等師范學校教育專修科。1982年南京大學在教務處設立高等教育研究室，教育學科得以復建。1986年高教室升格為系所級建制，1987年更名高等教育研究所。2002年成立教育科學與管理系，高教所作為校級研究所仍然保留。2009年教育科學與管理系改建為教育研究院。學院現設有高等教育研究所、課程與教學研究所、教育經濟與管理研究所3個校級研究所，并與江蘇省教育廳、江蘇省考試院、南京市教育局，合作共建揚子江教育智庫、江蘇教育名師發展研究中心、江蘇省教育考試中心等智庫與研究機構，南京大學高等教育研究與評價中心掛靠在教院。

經過多年建設，教院在高等教育學、課程教學論、教育經濟與管理等研究領域形成一定特色與優勢。目前擁有完整的教育學碩士、博士培養體系，擁有教育學一級學科碩士點、博士點，在第五輪學科評估中，南京大學教育學科獲得良好成績，在C9高校中排名靠前。2019年成立陶行知教師教育學院，率先在高水平綜合性大學開展師范教育，致力于培養中小學卓越學科教師。2023年，教院牽頭實施“國優計劃”，依托南京大學數、理、化、生基礎學科的強勁學科實力及優質生源，與外國語學院、大學外語部、物理學院、匡亞明學院等院系共享師資，探索高水平綜合性大學舉辦高質量教師教育的新模式。