綜合交通運輸協同創新中心（以下簡稱“中心”）是大連海事大學研究生創新人才培養示范基地之一，依托"港口協同發展與綠色增長"國家級創新團隊組建。中心依托交通運輸工程和工商管理兩個學科搭建跨學科研究生培養平臺，圍繞港航特色，在交通運輸企業運營管理及協同決策等領域開展人才培養、科研研究和社會服務工作。

　　中心導師隊伍由學校航運經濟與管理學院、交通運輸工程學院、航海學院等相關學科優秀導師，以及其他院校著名學者以及大型交通物流企業的行業專家構成。中心在遼寧港口集團、大連中遠海運集裝箱運輸有限公司、中鐵鐵龍集裝箱物流股份有限公司、億海藍（北京）數據技術股份有限公司以及唐山港集團股份有限公司設有研究生實踐培養基地。

　　2021年中心擬面向全國招收交通運輸規劃與管理（學術學位）碩士研究生9名，工商管理（學術學位）碩士研究生4名、交通運輸(專業學位)碩士研究生55名。其中交通運輸規劃與管理專業研究方向是多式聯運方向；工商管理專業研究方向是智慧物流與供應鏈管理方向；交通運輸專業研究方向包含綠色港航與高效貨運、交通大數據與多式聯運、智慧港航、航運金融四個方向。中心研究生的學籍及日常管理歸航運經濟與管理學院統一管理，具體的培養環節由中心全權負責。