蘭州大學藥學院始建于1959年，時為蘭州醫學院藥學系。2004年11月蘭州醫學院整體并入蘭州大學，2005年6月組建成立蘭州大學藥學院。藥學學科是甘肅省重點學科，2006年獲藥學一級學科碩士學位授權，2012年設置藥物化學生物學二級學科博士點，2010年獲專業碩士學位授權。2020年藥學本科專業進入“國家級一流本科專業建設點”，2022年獲藥學一級學科博士學位授權。2023年，軟科“中國最好藥學學科”排名中，蘭州大學藥學學科在全國154所高校藥學學科中位列第23位。

學院擁有一支以中青年骨干為中堅力量的一流師資隊伍，獲得博士學位的教師占全部人數的92%，具有副高級職稱以上者占教師人數的80%。藥學院教師中近2/3的老師具有一年以上海外留學經歷，先后建設3支省級教學科研團隊，培養多位省級及以上學術領軍人才。

學院現已擁有蘭州大學生物制藥國際合作基地、甘肅省2011隴藥協同創新中心、甘肅省健康產品高通量篩選與創制工程研究中心、甘肅省黨參產業工程研究中心、甘肅省中藏藥功效物質開發與利用行業技術中心、甘肅省化學原料藥中間體行業技術中心、甘肅省黨參研究院等多個國家級及省部級重點研究基地，并與省內外多家醫藥企業聯合建設非實體研究中心和聯合實驗室。近五年，學院教師先后主持科技部國際科技合作計劃項目、國家重點研發計劃、甘肅省重大重點項目、國家自然科學基金項目及重大橫向科研項目400余項，到賬科研經費超過1.1億元；發表高水平學術論文500余篇；近20項科研成果實現轉化，項目金額3000余萬元；獲省級以上科研獎勵8項。

藥學院秉承“探藥之源，求藥之真，創藥之新”的院訓，發展特色鮮明、服務地方能力突出，已成為我國特別是西部地區藥學人才培養和科學研究的重要基地。